故事发生在日本的江户时代,一名神秘的男子出现在了武士桂小太郎(石田彰 配音)的面前,他手握妖刀“红樱”,要求试刀,这个夜晚之后,桂便下落不明。桂的宠物伊丽莎白(高松信司 配音)找到万事屋的神乐(钉宫理惠 配音)和新八(坂口大助 配音),委托他们寻找主人的下落。同时,银时(杉田智和)也受到委托,寻找四处作恶的红樱的下落。三人的线索汇聚到了一艘空中飞艇上,由于远离警察的管辖范围,飞艇里的恶势力一手遮天。在那里,银时遇见了曾经的战友现在的对手高杉晋助(子安武人 配音),高杉正带领着自己的鬼兵队企图毁灭江户。一面是穷凶极恶的恐怖分子,一边是暴虐嗜血的妖刀红樱,身受重伤的银时能够平安脱险拯救江户吗?
此次剧场版重制了《银魂》动画中的《红樱篇》,其中,在原作中未出场的真选组也将在故事中大显身手。。本剧讲述了日本突然出现7个巨大洞穴,包括比大楼更大的洞,穿透云层的洞,出现在城市中心的洞。人们陷入混乱,疲于应对,进行了各种各样的调查,但是洞的真面目还是不知道。虽有很多人进了洞,但尚未有人回来。于是,出现了以穴为神的人——小泽,其相信“洞中有救赎”。随后,12月1日,八名以小泽为首的男女信徒团体聚集在度假村,按照小泽所说的规则,入洞前必须说出“为什么想要入洞”并进行记录,在相互倾诉之后,他们将抵达怎样的未来?。