日本明治末期,阶级观念强烈,雪雄(本木雅弘饰)是名优秀的医生,同时也是大德寺家族的继承人,加上有一名年轻美艳的妻子阿琳(Ryo饰),集名誉和地位于一身,叫人羡慕。他救死扶伤,却视贫民窟为罪恶和疾病的根源,对下层人士有很深成见。
可惜这个高贵的大德寺家族,隐藏着某些不可告人的秘密,阿琳也有着失忆的困扰。自父母相继离奇死亡后,不幸的事情接踵而至。一天,雪雄在花园遇袭,被一个样子与自己一模一样的人推进废井之中。那人从此就以大德寺家族承继人以及阿琳的丈夫身份出现,而雪雄却在井底过着非人的生活……。一个名为“阿卡姆”的民间组织受到远古文明留下的讯息启发而成立。旨在保护及封印超古代文明的危险遗迹。加入“阿卡姆”的特殊工作人员,人们称之为SPRIGGAN。其中实力No.1的特工是一位叫作御神苗优(森久保祥太郎 配音)的十七岁少年。在土耳其的一次调查工作中,“阿卡姆”竟无意地发现了诺亚方舟。方舟隐藏着毁天灭地的神秘力量,于是很多组织都开始窥伺这个传说中的远古遗迹。美国派出了半机械改造人小队与“阿卡姆”展开激烈的遗迹争夺战。而其中一个以神自称的改造人少年竟想私自利用挪亚方舟引发第二次洪水灭世……御神苗优是否能够阻止这一疯狂的计划呢?世界将会走向灭亡吗?。