C.E.70年2月,地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月,在“非我即敌”的观念驱使下,地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候,少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后,背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后,他成为了ZAFT的战士......。丹尼斯的双亲是未受到社会支持的疯狂科学家。他们将自己的孩子监禁在孤岛的研究所,进行秘密实验,将除丹尼斯以外的一个哥哥和三个姐姐改造成了特异的人类。
某天,父母被警察拘捕、孩子们则在社工安排下到另一个小岛上居住。
问题是,除主人公以外的四名兄姐, 没有一人拥有现代人的常识……。