2000年,一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时,“光之巨人”自毁,从而发生了“第二次冲击”,进而导致世界大战。最后,人类人口减半,地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查,联合国在日本箱根成立人工进化研究所(即GEHIRN)从事EVA(指机器人)的发展研究,后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。
另一方面,联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化,开始实行人类补完计划,就是将所有人的灵魂汇集在一起,通过中和每个人的AT力场,使每个人回归LCL之海。
2004年,EVA初号机进行启动试验时发生事故,碇真嗣的母亲碇唯消失,碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年,GEHIRN被改建成NERV。
2015年开始,根据SEELE人类补完计划剧本的安排,一种不明巨型生物“使徒” 开始在日本登陆,并向NERV总部进攻,NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时,碇源堂秘密地执行它自己的计划。随着时间推移,碇源堂 的计划逐渐被SEELE发现,NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中,NERV于SEELE的矛盾激 化,SEELE派出军队进攻NERV,在占领了NERV后发动了第三次冲击。全人类全部化为LCL之海,只有碇真嗣和明日香留了下来。。某个昏暗的工厂内,有一条颇为怪异的生产线。传送履带上满满都是各种生物的小宝宝,他们呱呱而泣,聒噪不停。传送履带的终端,小宝宝们落入篮筐内,送子鹤领走各自所负责的宝宝,简单喂过奶后,便将孩子们送到各自的父母那里。一对普通的夫妇,焦灼地等待宝贝的到来。门铃一响,他们赶紧开门将娃娃接了进来。与此同时,森林里一对狗熊夫妇也接到了他们的小宝宝。谁知好景不长,人类和狗熊父母很快发现他们的孩子和自己长得并不一样。一番争吵乃至烦恼过后,他们决定接受现实,将宝宝尽力打造成自己的模样。
一切似乎归于平静,而就在此时配送公司来信,通知了他们弄错孩子的事实……。杰森是一个疯狂迷恋港台功夫片的美国少年,然而现实中的他却饱受坏孩子的欺负,不敢反抗。偶然机会,杰森从某中国古董店得到一根如意金箍棒,借着金箍棒的力量,他竟然回到了几千年前的中国。
此时,邪恶的玉疆战神凭借降伏齐天大圣孙悟空的威名篡夺天界,靠武力鱼肉百姓,民不聊生。杰森先后邂逅了嗜酒的游侠鲁彦、沉默寡言的默僧以及轻盈美丽的金燕子。他们为解救被困的齐天大圣朝着天界进发……。