明万历年间,京城名妓杜十娘与进京应试的江南公子李甲相识。李甲得好友柳遇春帮忙,赎出十娘喜结百年之好。二人返乡经过瓜州,盐商孙富见十娘美貌,便约正为如何回家面对严父的李甲喝酒,劝其别为一青楼女子耽误前程。李甲愁苦无奈将十娘卖与孙富,十娘闻讯怒沉百宝箱,投江自尽。睡莲庵老尼救起十娘,留其带发修行。柳遇春高中后陪夫人至庵中还愿,与十娘相遇,携十娘回到苏州。李甲一路流浪到苏州,心中为十娘之死痛悔万分,不想巧遇柳遇春……。在东京某个位于西国立市的神社内,有三名可疑的男子正在密谈。突然有个戴着假面具的黑影男人出现,他用日本刀和弓箭在瞬间将三人杀害。与此同时,在大阪、京都也相继发生了杀人事件。警方在经过调查后发现,被杀害的五人都是出没于东京、大阪、京都三地,专门偷窃著名佛像及艺术品的窃盗集团“源氏萤”的成员。这个集团以日本历史上最有名的悲剧武将——源义经的故事《义经记》为名,首脑化名“义经”,部下则以“弁庆”为首,各自以家将姓名相称。另一方面,小五郎带着柯南、小兰和园子来到了京都。八年前,位于京都的古老寺院——山能寺中的一尊国宝级佛像遭到偷窃,寺院的住持为了解读一幅可以判断佛像藏匿地点的谜样的画像,因而请来了小五郎帮忙,小五郎一行人展开了调查。。