第二集中,尼奥(基努·里维斯 Keanu Reeves 饰)没有能从内部摧毁“母体”,他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷,思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带,这个地方由“火车人”控制。墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰)和崔妮蒂(凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰)等人知道了尼奥的情况,在守护天使的带领下, 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇,经过一番激斗,将尼奥救了出来。
此时,电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击,人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗,形势危在旦夕;尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难,到达机器城市,尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”,双方谈判并达成了协议:尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯,以换取锡安的和平。
在“母体”中,尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。。包家收养同乡潘仲之子潘朗清(郭晋安 饰)多年,包家长子包文龙(郑伊健 饰)与他情同兄弟;中天集团首脑黄天(郑少秋 饰)造人暗算,被商业罪案调查科的探员文龙调查,却与其成为忘年交。急功近利的郎清非法赚快钱,连累前来劝阻的文龙被停职,使包家陷入困境。潘夫向昔日好友黄天求助, 朗清得以进入中天集团。复职无望的文龙被黄天赏识招入中天,由此踏入商界。文龙认识古怪少女林贞烈(陈松伶 饰),两人开始恋爱。朗清被人利用出卖中天的商业机密,引起黄天的疑心,为了获得黄天的信任,并谋得权势,朗清开始追求黄天之女黄蕾(郭蔼明 饰)。但黄蕾却因为文龙而与他悔婚,并介入到文龙与贞烈的感情中,让文龙陷入两难之境。备受悔婚屈辱的朗清,与黄天的对手一起不择手段,开始报复计划。商界人生,风云变化多端,谁能料到得与失?。