“闇之书事件”(参照魔法少女奈叶A's)的10年后。踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人,怀抱着彼此的友情牵绊、为了追求各自的梦想实现而加入时空管理局,并以一流魔导师的身分活跃。 在此当中,出现了新发现的太古遗产“圣遗晶石”(レリック),以及以此为目标而出现的谜样机械兵器“共鸣拓发者”(ガジェットドローン)。为了迅速对应日后被称为“圣遗晶石事件”的状况,八神疾风考虑到设置能够迅速对应的独立部队的必要性,设立了专责处理与太古遗产关连任务的特殊部队——“机动六课”。 另一边,时间回溯到四年前。昴·中岛在遭到机场火灾卷入而几乎丧命之际,由于奈叶的出现而得救。因为憧憬著如同“自己理想中的形象”一般的奈叶,昴在当晚的满天星空之下,做出了“成为管理局的魔导师”的决定。 四年后,经过一番波折而顺利成为管理局的新进魔导师的昴,与训练校时代的伙伴蒂雅娜...。故事的主角是一个长期流亡苏联的共产党人。在希腊军政府倒台后,于处人生暮年的他终于可以回归故乡。当他以如此矛盾而又暧昧的身份,再回到记忆中熟悉的地方,再面对家人与朋友时,他感觉到了人情的疏离,对未来的盲目,对于祖国低度的认同与漠视。人们企图卸下记忆的承重,却又害怕轻得迷失方向。在这样的环境下,他意识到自己已经真正失去了国籍。最终,和他离别多年的爱人漂在爱琴海中的浮岸上。。