平凡的一天,出木杉君带来了《乌托邦》这本小说,为同学们讲述理想国的故事。那个没有考试和学校的国度,深深吸引着吊车尾的大雄。偶然机缘,大雄在后山看到了一个新月形状的悬浮物停在空中,随后很快消失。这个发现让他无比兴奋,于是认定这就是传说中的乌托邦。他拜托哆啦A梦寻找历史上的相关报道,随后又买来时空穿梭飞艇,和胖虎、小夫、静香前往新闻中各个时代的目击点寻找新月形悬浮物。但是大多数发现都是自然现象或者人工产物,似乎天空的乌托邦真的就只是一个传说。
直到某天,那个悬浮物再度出现,引领少年们开启一段全新的冒险……。1990年,一艘巨大的飞船出现在地球上空,人们惶恐不安,却又分外好奇。经过一段时间紧张的等待,外星飞船始终没有动静。人类终于小心翼翼靠近它,强行走进舱内,结果发现了不计其数的外星人。他们形容丑陋,宛如虾子,而且健康状况极差,虚弱无力。原来这是一群来自外星的难民,他们最终被地球人接纳,并隔离在南非约翰内斯堡的一片区域内生活,此地名为“第九区”。经过长达20年的繁衍,外星难民的数量扩张至180万之多,且和周边人类的矛盾冲突不断,越来越多的人类呼吁将“大虾”赶出地球。MNU(列国同盟组织)经过磋商,决定将外星难民迁移到更为偏远的区域。MNU外星事务部门的特工威库斯专门负责搬迁工作。威库斯在动员过程中傲慢随意,与当地居民冲突频频。最终,他为自己的行为付出代价,外星人的神秘流体将其感染,威库斯慢慢变成了外星人的模样。。