2131年,地球爆发大规模的世界大战,各大主要城市尽成废墟,人们流离失所。讽刺的是,这场摧毁人类文明的大战最终没有任何战胜国。幸存的人类将原来的综合管理机构改造成名为奥林帕斯的基地,以此作为幸存者的理想国。
少女琉南•纳兹在一座废弃城市与火力强大的人造人展开激烈战斗,危急时刻,她的前男友布里亚留斯和美丽女孩瞳带领奥林帕斯的小分队赶来营救。布里亚留斯之前在北非战场失去大部分身体,如今也被改造成机械加身的人造人。结束了枕戈待旦的日子,琉南开始迎来平静祥和的生活。她发现奥林帕斯的科技极为发达,而这里相当数量的人类是人造人。这座过分祥和的理想国让琉南心有不安,它的背后似乎隐藏着不为人知的秘密……。中国,印第安纳琼斯博士(Harrison Ford饰)与上海黑帮老大交易,对方在换得努尔哈赤的骨灰后便背信弃义,欲灭琼斯之口。关键时刻,机灵小鬼豆丁(Jonathan Ke Quan饰)救下琼斯博士和无故卷进的一位歌女威莉(Kate Capshaw饰)。
由于三人乘坐的飞机失事,跳机后,乘着橡皮艇,他们竟漂流到了印度的一个村子。这里河水干涸,庄稼尽毁,饥荒横行,民不聊生。当地人将之归咎为彭高皇宫的妖孽作怪,并将“从天而降”的琼斯一行视为神灵的化身,他们请求琼斯帮他们拿回被掳走的圣石和所有的小孩子。
魔宫果然充满古怪,统治者是个小屁孩,贵族们吃水蛭、巨蟒、甲虫、猴脑,皇宫内部更是机关重重,误打误撞间,他们目睹到血腥的邪教献祭仪式……这一仗注定艰苦异常!。