东凛大学医学院四年级学生加地大已(瑛太 饰)未能如愿进入“心脏外科研究小组”,反而被法医学教授的佐川文彦(时任三郎 饰)内部调动至“法医学研究小组”这个冷门小组,因文彦看中大己凡事爱问为什么的思考性格,觉得他能为死去的人发出最后的声音。大己最初不能接受,一同进入法医组的有老友、准备继承家族医院的石末亮介(生田斗真 饰),因为对当年母亲的死心存疑虑而专门求调的年级优等生久保秋佳柰子(石原さとみ 饰),以及桐畑哲平(远藤雄弥 饰)、羽井彰(佐藤智仁 饰),这五个年轻人,凭借自己的能力去解开一个个死因,去倾听他们留在世间上最后的话语。。乾隆年间,红花会崛起,企图推翻满清统治。红花会总舵主于万亭偷入禁宫,告以乾隆本乃汉人之身世,乾为安全计,杀于灭口。于之义子陈家洛乃乾胞弟,于死后接任为总舵主,继承反清复汉大业。陈得悉乾隆出游江南,乃与文泰来、骆冰、余鱼同等十四当家齐赴杭州,利用名妓玉如意之美色,引乾至六和塔,痛陈利害,逼乾与红花会合作,共谋反清。
另一方面,陈家洛在回疆认识霍青桐,二人暗生情素。陈替乾取回身世证物之时,遇香香公主,两人一见钟情。家洛在青桐和香香公主之间感到困扰,而她们两人都对家洛一往情深。后因李沅芷女扮男装与桐态度亲密,陈误以为桐心有所属,遂倾向香香公主,并互订终生,令青桐黯然神伤。后得知香乃桐之妹,又得知误会了桐,困苦不已。但香香公主于乾隆攻打回疆时被俘,乾隆亦钟情于她,派张召重掳香入宫,逼为妃妾。家洛为使乾隆恢复汉人江山,忍痛割爱。时陈已取证物回,嘱乾遵守诺言。乾因受制于太后,复知香对陈痴心,乃背信弃盟,设宴雍和宫,欲将红花会一网打尽。。