巴黎医院中,滤过性病原体学者劳伦斯被一种不知名的病毒感染,即使她的前夫,著名的生物学家也无法解释。不久之后,发现该病毒与老鼠有关,与此同时由于清理垃圾工人的罢工,城市一时间老鼠泛滥。劳伦斯异常的恐惧,而当她的女儿被老鼠咬伤后犯病,她的怀疑得到了确定。一场与时间的竞赛开始了。劳伦斯一方面要抓紧时间研究抵抗病菌的药物,一方面要催促政府立即采取行动。亚力克斯的父亲也是受害者之一,亚力克斯所饲养的宠物小白鼠埃尔顿也被咬伤了,但它并没有传染上病毒。成千上万的老鼠涌入城市,劳伦斯发现他们所饲养的两只老鼠已经基因变异,感染了病毒,并跑了出去。而负责这项实验的负责人正是劳伦斯的前夫…。正享受短暂假期的公安九课少校草薙素子(坂本真绫 配音)突然接到巴特(松田健一郎 配音)的报告,西之内某处大厦遭受恐怖分子袭击,政府高官和商业巨擎被人杀害。在草薙的指挥下,九课的石川、波玛、帕兹、巴特等人通力合作,将恐怖分子彻底制服,但草薙在行动中意外受到神秘病毒感染。在西之内恐怖袭击的同时,远郊的水坝发生爆炸案。新滨县刑警陀古萨(新垣樽助 配音)传唤水坝管理企业负责人沙特博士,对方是来自饱经战火的卡森共和国的卡尔迪斯人。受警方高层施压,陀古萨没有得到任何有用信息。另一方面,草薙一方得知恐怖分子的真实身份,正是卡尔迪斯的游击队组织。两起案件意外联系在一起,其背后隐藏怎样的真相?
本片根据士郎正宗的原作改编,为攻壳机动队前传“ARISE”的第三部。。