故事讲的是一个工厂的普通女工马晓翠,为了改善家里人的住房环境,买彩票。而后听说厂里有经济适用房分,但需要排名次加分。为此她不惜参加唱歌,但最后也以失败告终。再后来,她又再一偶然间听说跑步可以加分,又开始捣腾跑步,并且请了专业教练尹之教她跑步。但在跑步的过程中,她发现自己渐渐地爱上了跑步。而她积极乐观,善良的个性,也在不知不觉中开始改变着她周围的人...。新学期开始,美墨渚和雪城穗乃香成为菲诺奈学院女子中学部三年级学生,过着普通女孩的校园生活。 而梅普鲁、米普鲁和保伦在上次战斗后陷入了漫长的沉睡。 此时,在光之园,在激战后受了伤的女王分裂成数个部分,消失在远处。与此同时,渚和穗乃香遭到了萨凯那的袭击。 突然,梅普鲁和米普鲁苏醒过来,两人使用新的变身器再一次变身成为“光之美少女”,不仅衣服改变了,而且力量居然也提升了!? 为了让失去了记忆和原本姿态的女王恢复原样,渚和穗乃香以及苏醒后力量得到提升的梅普鲁、米普鲁和保伦,将与不可思议的少女・九条光一起展开新的故事。 光之美少女们能够让女王恢复原来的样子吗?。