影片讲述了1948年,济州岛的居民们听到一个令人闻风丧胆的传闻--海岸线5公里以外的所有人都将被当做暴徒无条件处死。而这个命令正是所谓帮助捍卫韩半岛安全的美军驻军下达的。岛上的老百姓不懂英语,整日人心惶惶,四处避身,靠分吃土豆果腹。三万多的村民完全不知道这些异族军官为什么要驱赶他们,而他们将会面临怎样的命运?。谁也不曾想过,七十年前那期神秘的罗斯威尔事件,时至今日仍对全体人类产生着如此巨大的影响。并且鲜少有人窥见真相的全貌,即使它就在那里。某天,过着颓废生活的前联邦探员福克斯·穆德(大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰)以及他最为信赖的搭档——正在某某教会医院担任医师的丹娜·斯科莉(吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰)重新聚在一起。原来一档旨在揭露政治黑幕节目的主持人找到他们,希望二人披露政客利用外星人来控制人类的真相。以此为契机,关闭已久的X档案重新开启。一度对各种离奇事件失去信心的穆德,在斯科莉的陪伴下重新踏上征程。
而这一路上,层层隐藏起来的真相以及人类可怕的未来,将相继呈现在他们的眼前……。