在上一集中,爱丽丝救出了被冷冻的同伴们,众人在离开之际却被赶来的雇佣兵赶尽杀绝。T病毒使红皇后的程序发生了错误,变得残暴嗜血的她想要杀死最后的人类毁灭地球。唯一能够阻止红皇后的只有爱丽丝一人。而此刻,失去了能力的爱丽丝却被保护伞公司囚禁在位于海底的秘密基地中。威斯克通过病毒侵入了保护伞公司的系统,他放走了爱丽丝并告诉她,她是人类最后的希望,而为了拯救人类,他们必须冰释前嫌共同抵抗更强大的敌人。爱丽丝遇见了保护伞公司的前员工艾达·王,两人一路上奋勇杀敌结下了深厚的友谊。同时,爱丽丝旧日的战友们也组成了一个小分队,从外向内进行突围。
保护伞公司在海底建造了逼真的模拟城市,并使用克隆人作为T病毒的实验对象,为了抵达出口,爱丽丝一行人必须穿越东京、纽约、华盛顿和莫斯科四座城市,而每座城市中都有丧尸们在蠢蠢欲动。。三村新之丞(木村拓哉 饰)是名平凡的下级武士,他的工作是帮藩主试毒,备好的饭菜先由试毒者吃,确认没有不良反应后才会给主人吃。就在一次试毒中,新之丞双目失明,失去眼睛无异于废人,他的命运急转而下,幸而美貌贤惠的妻子加世(檀丽 饰)帮助下,他才重新面对生活。
但三村一家由此失去 了生活来源,在亲友建议下,为了维持生计,加世拜托上级武士岛田藤弥(坂东三津五郎 饰)向藩主求情,希望能保住一半薪俸。可岛田以新之丞的薪俸为要挟,强迫加世委身于他。新之丞得知后,无法接受事实,休掉了妻子并决定和岛田决一死战,挽回比生命更加宝贵的武士尊严。。