影片讲述一个爱打抱不平的武校女生李响通过父亲没日没夜开发的虚拟现实(VR)技术进入游戏,精进武功、重塑自我的故事。她在虚拟的古代世界里遇到了现实中常常欺负她的“男校霸”于大宝,两个小冤家是继续斗法,还是联手打怪?。东南亚Z国R市,失忆青年袁布被开花店的吴婷、六六姐弟救下,三人相依为命,虽然袁布身上有很多常人无法理解的秘密,但是袁布单纯开朗的性格得到姐弟俩的认可。吴婷病情加重,袁布为了替吴婷筹钱治病,不惜玩命打地下拳,但却被以前将他作为“试验品”的恶魔生物学家傅义找到。而这次傅义能找到袁布,也并非是巧合……。来自异次元的种族MU占领了东京,并将城市隐藏在巨大的防护壁之后,他们欺骗在东京生活的人们他们已经成为世界上仅存的人类。在防护壁之外,名为“TERRA”的反MU组织声势渐渐壮大。某日,在同MU激烈交火之时,一位名为神名绫人(下野紘 配音)的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中,在这里,绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”,并且成为了它的驾驶者。
在神秘女子的紫东遥(久川绫 配音)的带领下,绫人来到了防护壁之外,加入了TERRA,并且在那里遇见了名为如月久远(桑岛法子 配音)的女子。MU组织对TERRA发起了进攻,当TERRA的存亡陷入危机之中时,绫人再一次驾驶着Rahxephon,成为了这个组织的救世主。。