1972年,江南水乡的长青大队,正在抢收抢种,小学放了农忙假。阿勇从根生和小牛拾到的两只鸭蛋上,发现地主凌金财企图把某游牧放鸭队丢失的一群鸭子偷卖掉。阿勇等截回鸭子,并征得党支部同意,在找到鸭子主人前,先把鸭子养起来。凌金财诱骗根生离开放鸭岗位,乘机设法惊散了鸭群。阿勇批评了根生,与伙伴们一起,冒着风雨把鸭群赶了回来,发现一只伤鸭不见了。在找鸭过程中,阿勇遭到坏人暗算,胳膊被打伤。凌金财挑拨根生离开红小兵队伍,阿勇动员红小兵一起去找根生做工作,阿勇妈对孩子们进行教育,使阿勇和根生重新团结在一起。根生在得知鸭子的主人是邻县江城大队之后,便偷偷把鸭子从水路赶走,想送到江城大队去,出其不意地立一大功,挽回面子。凌金财勾结邻村的韩老五,企图中途骗走鸭子,陷害根生。阿勇闻讯,追上根生,劝其把鸭子赶回,根生不听,反责怪阿勇不够朋友,坚持送鸭,结果被韩老五推到水里。阿勇和凌金财、韩老五搏斗,救起了根生,自己却晕倒在水里。根生看到阿勇为救自己而住院,很受感动。阿勇伤愈出院后,他和伙伴们一起把鸭子送到江城大队。。由于两年前揭发同僚贪污,台北警官黄火土(梁家辉)被上级报复调入冷门的外事组工作,利益也曾连带受损的新同事对他怒言相向,加上妻子清芳(刘若英)受不了他长期不回家要求离婚,黄火土感觉他的世界正在逐渐四分五裂。
就在此时,三宗受害者的身份并无关联的震惊了台湾社会的离奇命案发生,法医(杨贵媚)验尸发现他们都是因中一种神秘的黑霉菌产生幻觉而死,因为缺乏此方面的人才,当局从美国请来此种案例的侦办专家凯文莱特(David Morse)协助破案,黄火土重被任用。随着一桩令所有人都目瞪口呆的事实的被发现,一场围绕政治利益与民众利益的斗争也在黄火土和办案伙伴李丰博(戴立忍)及整个警察队伍之间展开。。