第二集中,尼奥(基努·里维斯 Keanu Reeves 饰)没有能从内部摧毁“母体”,他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷,思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带,这个地方由“火车人”控制。墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰)和崔妮蒂(凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰)等人知道了尼奥的情况,在守护天使的带领下, 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇,经过一番激斗,将尼奥救了出来。
此时,电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击,人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗,形势危在旦夕;尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难,到达机器城市,尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”,双方谈判并达成了协议:尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯,以换取锡安的和平。
在“母体”中,尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。。大學副教授艾蜜莉遭不明人士綁架,被丟進一個時間持續倒數的密室中,她的記憶喪失,更別說是被綁到這裡的原因。驚恐又充滿疑惑的她,在牆縫發現一個寫有日期的火柴盒,裡頭還夾了一支鑰匙,艾蜜莉意外地對這些東西感到熟悉,但上頭的日期究竟是什麼意思?鑰匙又是拿來開啟何物?艾蜜莉得把握時間趕快找回記憶才行。。