一名偏执狂的数据分析师因不断听到耳鸣而感到沮丧,他在一个临时实验室里进行了一系列家庭实验,记录了他为治疗自己的耳鸣而进行的执着尝试。但随着他的研究变得越来越黑暗和恐怖,一个可怕的秘密背后他的疯狂状况被揭示了一个潜在的治愈方法比他想象的更险恶。。自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女,这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中,超能力已经可以通过科学技术创造出来,但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀,而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家,上条如往日一般去学校学习,但放学回家,却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中,上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。。