1966年,从新加坡返回香港想忘掉过去的周慕云住进东方酒店的、同他曾经熟悉的数字2046只差一号的2047号房,开始了他的卖文生涯。眼前、曾经在他身边出现过的一个个女人经过他大脑的过影后,令他对时空产生疑惑,不但忘不了过去,一幕幕往事反而更加挥之不去。
为了与过去作更好的告别,他将生活的点点滴滴化为文字,写下小说《2046》(说只要搭上了前往2046的列车,人们就可以找回失去的记忆)。。少女战士法尼娅遇到了名为“导师”的失忆少年,两人共同展开旅程,逐渐揭开敌人——“异生体”的秘密。与此同时也发现了“某个神秘势力”隐藏在这之后想要操控少女战士“斯露德”的人生。她们决定奋起反抗,净化土地,夺回天空,夺回人类的生存空间。。