袭击了二十世纪的地球的前所未有的大灾害·落星雨。在这场大灾害之下,世界多数的都市遭到毁灭。但,从陨石中发现的未知元素——万应素,让人类的科学技术加速发展,终於诞生出被称作“星脉世代”的、拥有特异之力的新人类。世界最大的综合战斗娱乐项目“星武祭”的舞台,由六所学院包围、通称为六芒星的水上学园都市“六花”。转学到星导馆学园高等部的特待生·天雾绫斗,为了实现自己的愿望,而发誓在这个都市中战斗。。掌控日本国家未来的御前会议上,众要员商议着以猎杀SPEC持有者为目标的“SIMPLE PLAN”,神秘的法蒂玛第三预言亦被提及。数天后,暗中执行猎杀计划的政府成员突然于游艇上全员木乃伊化死亡。案件交由未详系的当麻纱绫(户田惠梨香 饰)和濑文焚流(加濑亮 饰)负责。调查途中两人接到志村美玲(福田沙纪 饰)的求救电话,赶赴救援时与濑文的前同僚兼前恋人青池里子(栗山千明 饰)不期而遇。当麻将美玲带回未详系,原本已经死去的阳太/一十一(神木隆之介 饰)竟从容现身于她们面前。竭力压制着蠢蠢欲动的左手,当麻无力的目睹美玲匆忙留下“一定要阻止法蒂玛第三预言”的信息后被阳太带走。
在阳太的恶意煽动下,普通人类与SPEC持有者间的矛盾日益激化。身处两者夹缝之中,当麻对法蒂玛第三预言和人类未来的走向充满了迷惑。玛利亚、白衣教皇、左手持火之剑的天使……预言中的关键人物们若隐若现,黑暗降临的未来是否终将无法避免?。