邪恶的机器狂博士指使强大的机器兵团侵占了美丽和平的惑星王国, 并将善良的人们变成了他的奴隶, 就连索尼敬爱的查克叔叔也不幸变成了机器人。 索尼利用叔叔留下的机器将自己改造成为"音速小子“……。。东西冷战了170年后的未来,世界被分为东部和西部二个对立面。经常互相对峙,处于极度的紧张状态。在那样的状况中,设立了秘密谍报组织“Zero zero机关”,组织以00号码称呼着间谍部队中的人工控制机械人。
主人公ミレーヌ·ホフマン 属于00号码间谍“9小组”的女性人工控制机械人。代号009-1的她美丽的身体中包藏着许多秘密兵器,并赌上性命进行着谍报活动。。