故事设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。某天,因意外一名外星人从宇宙坠落。失去过往记忆的外星人“奥美迦”化身为地球人模样,被人称为“宙人”。他对人类充满好奇,积极地接触这些陌生的生命体。
当神秘巨型生物接连出现时,尘封的记忆碎片被唤醒,宙人脱口而出“怪兽”二字。面对怪兽的威胁,强烈的使命感驱使他变身成为奥美迦奥特曼,与怪兽作战。
随着故事推进,来自外星的宙人与一位普通青年逐渐成为并肩作战的伙伴。。20年代末,为完成师父的志愿,陈真到东洋学先进技术,他喜欢着日本女孩山田光子。因为师父霍元甲之死,陈真回到中国,协助师父之子霍廷恩主持精武门的业务,不料却引起了他的妒忌,师兄弟之间引发权力之争。
另一方面,陈真追查师父死因,怀疑是日军军官藤田刚暗中使用慢性毒药杀死霍元甲。陈真请医生验尸,证实师父确系中毒而死。藤田刚恐阴谋败露,杀人嫁祸,展开了连场恶斗。不久,藤田刚挑战精武门,他诱使日本黑龙会总教头船越文夫向精武馆挑战。比武之日,双方开展了一场惊心动魄的决战。。