第二集中,尼奥(基努·里维斯 Keanu Reeves 饰)没有能从内部摧毁“母体”,他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷,思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带,这个地方由“火车人”控制。墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰)和崔妮蒂(凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰)等人知道了尼奥的情况,在守护天使的带领下, 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇,经过一番激斗,将尼奥救了出来。
此时,电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击,人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗,形势危在旦夕;尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难,到达机器城市,尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”,双方谈判并达成了协议:尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯,以换取锡安的和平。
在“母体”中,尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。。受老朋友岸本所托,井之头五郎(松重丰 饰)奔赴仙台,在完成工作洽谈后,来到当地一家小餐馆,品尝了牛舌套餐和烤牛尾。五郎叔大快朵颐,幸福满满。在此之后,他的脚步来到石卷市。出了车站,他站在3•11遗址深深聚了一躬,随后租了一辆秀密轻巧的轻卡,驱车来到女川町,和当地的负责人(向井理 饰)洽谈地方振兴活动中所需要的商品。工作顺利完成,而吃货五郎叔也感到肚子饿了,几经周转他终于找到一家开在山道上的海鲜饭店,并且在五色海鲜盖饭和星鳗天妇罗的夹攻下享受了快乐的午餐时间。
东北三陆的美食,给五郎叔留下了深刻的印象。而曾经遭受震灾和海啸的地区,似乎也正恢复往日的活力……。