1971年时,邪恶的修卡组织命令科学家百濑龙之介做实验,将人类改造成怪物。龙之介不愿再助纣为虐,于是修卡组织利用龙之介释放出恶魔迪亚波罗后,将其流放至宇宙,龙之介意外通过黑洞穿梭至2071年的未来世界,发现那时世界已经由恶魔迪亚波罗掌控,为了拯救世界,他使用回旋加速驱动器来到了2021年,打算与自己的儿子秀夫合作,对抗迪亚波罗。但秀夫不愿原谅抛妻弃子的父亲,局面陷入了僵持。五十岚一辉、神山飞羽真、狩崎还有各位假面骑士,纷纷挺身而出对抗邪恶势力。秀夫最终也被亲情感化,原谅了父亲龙之介,父子俩成功变身为假面骑士世纪。各位骑士穿梭于未来与现在,为了守护世界而战,迪亚波罗最终被消灭,龙之介与秀夫间也不再有隔阂。。故事发生在一座风景秀丽的小岛之上,古森太郎(小野贤章 配音)、中岛匡幸(福山润 配音)和大神信(保志总一朗 配音)是生活在这里的三位少年,每个人都有一段不愿意回忆的悲伤过往。
某日,厌倦了一成不变无聊生活的三人聚集到了一起,前往传说中的诅咒之地探险,在“现世”和“幽世”的交接处,三人目睹了十分恐怖而又充满了痛苦的景象。恐惧之中,三人匆忙逃跑,却发现灵魂竟然脱离了肉体,当他们再度找回肉身之后,一切都改变了,三人获得了自由穿梭于两个世界的特异功能。与此同时,古森太郎曾经遭遇过的绑票事件的真相重新浮出了水面。。