公元前11世纪,古埃及面临多重困难,外部有亚述人的战争威胁,又欠下腓尼基商人的大笔债款,国家濒临破产,人民穷困潦倒。拉美西斯十二世病重去世,他的儿子拉美西斯十三世被宣布为法老继承人。为了阻止埃及的迅速衰落,年轻的拉美西斯十三世决定夺取世世代代存放在神庙中的宝藏,将其用于社会改革和对亚述发动战争。但神职人员反对他的计划,祭司和年轻的法老之间开始了政治和宗教斗争。。位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人,其中约8成是学生的这座都市中,实施着超能力开发的特殊课程,学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。
高中生上条当麻,也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力,就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”,而被评价为名落孙山的“无能力”,过着充满不幸的人生。
而上条的学生生活,由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始,上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方,在惊险地解决双方事件的过程中,他的人际关系也逐步扩展。之后,魔法一方的十字教最大宗派罗马正教,终于注意到上条的存在……。
如同呼应魔法方一般,科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联,而使命运大为改变的“英雄”们。
他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。
科学与魔法第三次交织之时,故事将大幅推进!!。