“闇之书事件”(参照魔法少女奈叶A's)的10年后。踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人,怀抱着彼此的友情牵绊、为了追求各自的梦想实现而加入时空管理局,并以一流魔导师的身分活跃。 在此当中,出现了新发现的太古遗产“圣遗晶石”(レリック),以及以此为目标而出现的谜样机械兵器“共鸣拓发者”(ガジェットドローン)。为了迅速对应日后被称为“圣遗晶石事件”的状况,八神疾风考虑到设置能够迅速对应的独立部队的必要性,设立了专责处理与太古遗产关连任务的特殊部队——“机动六课”。 另一边,时间回溯到四年前。昴·中岛在遭到机场火灾卷入而几乎丧命之际,由于奈叶的出现而得救。因为憧憬著如同“自己理想中的形象”一般的奈叶,昴在当晚的满天星空之下,做出了“成为管理局的魔导师”的决定。 四年后,经过一番波折而顺利成为管理局的新进魔导师的昴,与训练校时代的伙伴蒂雅娜...。位于森林深处有一间专门收容重度身心障碍者的疗养院。曾经获得文学奖的知名作家洋子(宫泽理惠饰),有很长一段时间再也写不出东西来,不得已来到这里工作。她与丈夫昌平(小田切让饰),在一次意外发生后,小心翼翼地经营着两人的婚姻生活。疗养院里的其他职员完全不把身障者当人类看待 ,甚至对身障者施暴作为娱乐,初来乍到的洋子都看在眼里,但即使她向上司提出这些不人道的指控,也是石沉大海。只有跟她同名的年轻同事阳子(二阶堂富美饰)及阿圣(矶村勇斗饰)愿意听她说话。然而阿圣对这个社会忿忿不平,在其他同事越加恶劣及粗暴的行径之下,他心中那股不断增强的正义感与使命感逐渐扭曲,最终引发一起撼动日本社会的事件。。