1592年,日本侵略朝鲜,三个男女间的孽缘由此拉开帷幕。 某夜,晋州城沦陷。全城人被胁迫带到崔景怀将军府邸的院子内。日本将领木村威胁众人:只有背叛原来的主人,跟随新主人才能保命。在所有人都陷入恐惧时,皋拔出匕首,将曾经深爱的崔景怀将军杀害,接受了木村的心…… 21世纪的韩国,爱情陷入了永恒的阴暗牢笼里。 圣贤和英新既是情侣也是植物学家。他们为了寻找传说中可以吮吸人类灵魂的石竹来到山里,并偶然邂逅认识他们并主动接近他们的在镇。随后,三人同行。然而,每当在镇和英新单独在一起的时候,就会表现出很古怪的情绪,并使英新陷入危险。圣贤渐渐发现事态不妙,与在镇开始了绝命的较量……。20世纪末,世界各地的天才少年组成了一个名为"炼金之星"的组织,其成员之一的高山我梦作为"XIG"的一员,靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后,投入了同CRISIS计算机所预测到的"根源性毁灭招来体"进行的誓死决战中;另一方面,已脱离"炼金之星"的"藤宫博也"坚定地认为:对于地球而言,人类才是真正的癌细胞。他凭着"蓝光"的威力,变身成与"盖亚"相对立的"蓝色奥特曼--阿古茹·奥特曼"。作为日本平成年度奥特曼三作品的压轴戏,盖亚·奥特曼其最大的变化在于"盖亚和阿古茹"这二个敌对、且都为地球人出生的"人类奥特曼"的登场。当然,他俩的战斗场面也属前所未闻。同时,二人的对立观点贯穿前半段,因此前半段贴近于连续剧。