1992年,一架飞碟突然出现日本上空。飞碟走下三名自称时来自23世纪地球联邦机构的官员,他们要求直接与日本首脑对话,敦促日本尽快消灭哥斯拉,防止重蹈未来亡国的命运。
专事研究各种神秘事件的寺泽健一郎(丰原功补 饰)在未来写过《哥斯拉诞生》一书,其中披露了这只恐怖怪兽诞生的秘密。根据这本书的记载,未来人提出要健一郎、曾在太平洋战争期间目击哥斯拉的恐龙专家真崎洋典(佐佐木胜彦 饰)以及国家超科学研究中心成员三枝未希(小高惠美 饰)乘坐时光机返回1944年的拉哥斯小岛,试图将哥斯拉传送到别的地方。
寺泽他们的行动取得成功,但是20世纪却出现了另一头怪兽三头金龙王。种种诡异事件的背后,可怕的危机遽然降临……。聪子(波瑠饰)是一名图书管理员,虽然已经三十岁了,但是她的感情生活一篇空白,虽然经常在书籍中读到充满了罗曼蒂克的恋情,但在现实里,聪子还从未有过相似的体验。一次偶然中,聪子邂逅了名为凉介(濑户康史饰)的男子,温文尔雅的凉介一下子就吸引了聪子的注意,他仿佛就是从书中走出来的理想绅士,翩翩降临到了聪子的身边。 然而,聪子并不知道该如何接近凉介,就在她焦头烂额之际,一个古怪的男子出现在了她的身边。男子自称是《恋爱论》的作者司汤达(小日向文世饰),并且开始给聪子提供感情上的建议,虽然聪子只当司汤达是自己妄想出来的幻觉,但他提供的那些建议,确实给聪子带来了情感上的突破。。