故事发生在1999年,那个不详的世纪之末。坐落在深山之中,由于不断的发生灵异事件而被称为“超自然学院”的私立学校里,迎来了它年轻强势的新一任校长——神代玛雅(日笠阳子 配音)。绝对不相信有超自然力量存在的玛雅,此行便是为了调查父亲里奇的死因而来,这样的她,遇见了一位名叫内田文明(水岛大宙 配音)的神秘男子,刚刚登场的内田,便说出了让玛雅吃惊的话语,他居然来自未来的2012年!
这个形迹可疑的男子的话能够相信吗?2012年的世界是怎样的景象?一连串意外让玛雅逐渐相信了内田的说辞,而内田究竟为何而回到过去,这原因也渐渐的浮出了水面。。真道幸路朗是在外务省工作的干练交涉官。在羽田机场,真道所乘坐的客机正准备起飞时,空中出现了神秘的巨大立方体。“那个东西”急速地巨大化,并吞噬了载有252人的客机。巨大立方体的名字是“卡多”。 从卡多当中现身的神秘存在亚哈库依·扎修尼纳,试图与人类进行接触。被卡多吸收的真道,接受了亚哈库依·扎修尼纳与人类之间的调停任务。另一方面,日本政府也将国际交涉官徭沙罗花作为代表送往现场。亚哈库依·扎修尼纳究竟是什么人?而他的目标又是什么?。