《神奇宝贝超世代》是系列动画《神奇宝贝》第二部。其蓝本是第四世代游戏(口袋妖怪宝石版)在此系列中,无印篇的女同伴小霞不再跟着小智,而橙华市的新手训练家小遥加入队伍。小遥本来只打算旅行,但得知神奇宝贝华丽大赛后,就决定成为协调训练家。小遥的弟弟,小胜也跟着他们旅行,还带着神奇宝贝领航员。不过,因为小胜年龄不足,所以没有神奇宝贝。小智的伙伴,小刚也在此系列的开端回来。。救狗組織「毛俠」由達仁、采妮、海狗、基斯四位成員組成,無論任何時候,只要有狗隻需要救援,「毛俠」就會立刻出動,去拯救這些流浪毛孩。電影中分別以三個故事來講述「毛俠」的救狗經歷,第一個故事為「食狗疑雲」|第二個故事為「虐狗婆婆」| 最後一個故事為「遺棄浪人」。 在這些故事中,「毛俠」會遇上不同的難關,為了調查事件的真相,他們更會深入案件現場。在調查的過程中, 他們見證了一段又一人狗之間的深刻友誼,但同時慨嘆, 原來救狗最大的難度,是在於人的問題. . . . .? “。故事发生在中世纪早期,勃艮第人杀死国王,实行统治,乱杀无辜。莱雅是被害死的国王的女儿,逃过勃艮第人的屠刀,从小被一普通妇女收养,生活在风景秀丽的一个小村庄。本人并不知道自己的身世。勃艮第人知道世上有一把宝剑,谁能得到它,会力量无比,战无不胜。于是,他们发疯一样的到处寻找。莱雅是上帝指定的人选,担负着寻找宝剑的任务。
一天,勃艮第人来到莱雅的小村子,几乎将所有人都杀了。莱雅养母临死前告诉莱雅了她的使命,让她去找牧师米米尔,以便知道宝剑在那里。于是,莱雅带上他的妹妹上路了。途中遇到了格罗和他的伙伴,他们的家乡也被勃艮第人霸占而被迫生活在山中。莱雅开始跟格罗习武,以便对付坏人。一段时间后,她们离开了格罗继续完成使命。
勃艮第人头领哈格尔和女巫师一直没有放弃寻找宝剑。女巫师从手下一位士兵身上发现了她要寻找的一条项链,知道了莱雅就是执行上帝使命的人。她使用巫术从得到了宝剑的隐藏地。一个偶然机会,格罗发现莱雅肩上的一个记,他发现莱雅是前国王的女儿。为了不让莱雅冒险,格罗只身来到勃艮第人的城堡,虽然取回了项链,但却为此付出了生命。莱雅拿着项链,找到了宝剑的隐藏地。此时的勃艮第人和女巫师也来到了这里。莱雅用宝剑杀死了女巫师,并对天发誓,要为父亲报仇,为百姓报仇,让大家再次过上平安祥和的日子。。