将施奈德回老家之后,四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人,于是不再像以往一样一起战斗,而是各自在喜欢的领域内钻研,以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”!
这时,纽约市中发生一连串的怪事。原来实业家马克西米林安•J•威特斯意图征服纽约市,秘密培养了一支远古怪兽组成的军队,加上恶名昭彰的忍者组织Foot Clan,各种黑暗势力又在城市的角落里蠢蠢欲动!
神龟们又处于备战状态了!他们再次联合起来,准备向黑暗势力出击!。1911年,德国作曲家阿森巴赫(德克•博加德)怀带丧女之痛来到威尼斯,想藉水城美景舒缓心情,可是一切景致所勾起的不过是更加伤心的回忆,直到在旅馆里邂逅美少年塔奇奥(伯恩•安德森),对方宛如希腊雕像般的容颜才令他浑身颤栗,浑然忘我地沉醉在激动的热情中。
其后,威尼斯城被瘟疫所笼罩,但官方刻意封锁了消息。阿森巴赫逐渐发现这一惊人的危机时,没像其他人一样慌不择路想尽快逃离,相反为了多看塔奇奥一眼,甘愿染上瘟疫命丧威尼斯。。2022年X国,一群来自不同领域,各怀神通的年轻人成为犯罪调查中心CSIC的核心力量。迷案错综复杂,扑朔迷离。他们运用先进科技探案方法,抽丝剥茧,寻找关键线索!杀机四伏,危险无处不在。他们身处险境,只为惩恶扬善,还原事实真相!。