油嘴滑舌的雇佣兵韦德·威尔森与俏皮可爱的瓦内莎邂逅,但在爱情最美满的时刻,他被诊断患有晚期癌症,留在世上的时间所剩无几。极度绝望之际,他接受了弗朗西斯私人组织的邀请,对其基因做了改造,以谋求体能的突变。在忍受了一系列的残酷折磨后,韦德终于治好了癌症,蜕变成拥有不死之身的超级战士,但是代价却是失去了人类的面容。狡猾的弗朗西斯逃之夭夭,而韦德却无法以恐怖的面容去面对女友。在此之后,他化身死侍,穿梭于每一个黑暗角落,寻找阿贾克斯的踪影……。宁静的九州乡间小镇,生活着平凡的少女岩户铃芽。这天上学路上,她邂逅了神秘的白衣青年宗像草太。草太的言行举止引起了铃芽的好奇,她随着这个青年来到了一处废墟,并看到了一扇在水中央突兀伫立的门。懵懵懂懂,铃芽无意间解开了某个古老封印。在此之后,一场地震突发,而偏偏只有铃芽才能看见地震前发生的诡异现象。随后这个惶恐的女孩才发现,草太原来是有着古老传承的闭门师,他巡游日本各地正式为了阻止更大的灾难发生。
从西日本到东日本,追逐灾难的旅途中,铃芽尘封的记忆也渐渐苏醒……。